مطلبی از حضرت امام خمینی _ره_ نقل نشده و این مطلب جزء شایعاتی است که دشمنان به آن دامن می زنند . هر چند در مورد چرایی محاکمه و مجازات اعضای منافقان در زندانها مطالبی وجود دارد که لازم است در مورد آن صحبت نماییم . از طرفی در بررسی این موضوع لازم است در ابتداء به مساله چگونگی جدایی سازمان مجاهدین (منافقین) از انقلاب و واگرایی آنان از نظام جمهوری اسلامی توجه شود. این جدایی در اصل به گرایش های مارکسیستی و دینی و به عبارتی التقاطی کادر مرکزی سازمان در سال های اول تشکیل (یعنی سال 1344) بر می گردد . التقاطی که به خاطر آن ، مجاهدین مارکسیسم را به عنوان علم مبارزه پذیرفته بودند ، رزم و مبارزه با رژیم پهلوی را از نگاه مارکسیستی دیده و دنبال می کردند.